De Game Boy Advance heeft een ander cartridgeslot en gebruikt een andere processor dan de originele Game Boy. Hoewel er een paar uitzonderingen zijn (zoals de Game Boy Color, die compatibel is met de Game Boy Advance), Game Boy-spellen zijn niet compatibel met de Game Boy Advance.
Je kunt Game Boy- en Game Boy Color-games echter wel spelen op een Game Boy Advance SP door een Game Boy-speler te gebruiken accessoire voor de Nintendo GameCube.