Polymerisatie mechanisme in SDS gel

SDS - PAGE is een procedure wetenschappers om afzonderlijke proteïnen op basis van hun migreren door een gel . De gels zijn gemaakt van een polymeer genaamd polyacrylamide . Bij een polyacrylamidegel maken begin je met een mengsel van chemicaliën: acrylamide , bisacrylamide , SDS en een chemische buffer om de pH te stabiliseren . Het toevoegen van een persulfaat verbinding en andere chemische stof TEMED zal de acrylamide lange ketens vormen of polymeriseren . Initiatie

De persulfate ion in ammoniumpersulfaat is het equivalent van twee sulfaat ionen met elkaar verbonden door een zwakke zuurstof - zuurstof binding . Deze band kan splijten of breken in twee , waardoor sulfaat radicalen --- zeer reactieve moleculen met een ongepaard elektron . De sulfaat groep kan reageren met water om een ​​hydroxylgroep te genereren , of het kan reageren met de acrylamide monomeer om de polymerisatiereactie te starten . TEMED fungeert als een katalysator die de snelheid waarmee Persulfate ionen radicalen versnelt .
Chain Reaction

Zodra
een hydroxyl-of sulfaat radicaal heeft gevormd , het aanvallen van een acrylamidemonomeer , die een van de elektronen in een dubbele binding . Het acrylamide monomeer is nu een groep met een ongepaard elektron , zo gaat om andere acrylamide monomeer vallen op een soortgelijke manier . Deze reeks van gebeurtenissen leidt tot een snel groeiende keten van acrylamidemonomeren verbonden door enkele bindingen . De kettingreactie eindigt pas wanneer twee radicalen met elkaar reageren .
Verknoping

Als acrylamide aanwezig op zijn eigen waren , zou het niet vormen de dikke gel die u nodig hebt voor de SDS -PAGE . De polymeren worden verknoopt om een gel met de juiste eigenschappen te vormen , en daar bisacrylamide komt binnen de dubbele bindingen in bisacrylamide ook dienen als een doelwit voor radicalen in de reactie , en omdat het twee plaatsen waar het kan worden aangevallen door radicalen , het is uiteindelijk opgenomen in twee van de groeiende polymeren . Bijgevolg , de polymeren eindigen met crosslinks tussen hen op willekeurige plaatsen langs de lengte van elke keten .
Overwegingen

De polymerisatiereactie is zeer snel , dus als je eenmaal ' ve voegde de TEMED en de persulfaat , het zal plaatsvinden zeer snel te nemen . De zuiverheid van de reagentia is belangrijk omdat verontreinigingen kan invloed hebben op uw resultaten . Acrylzuur , bijvoorbeeld , kunnen worden toegevoegd aan het polymeer en creëert ionenuitwisseling sites die lokale pH variaties in de gel kunnen veroorzaken. De resulterende gel kan nog bevatten enkele acrylamidemonomeer en acrylamide is een neurotoxine , dus altijd de nodige voorzorgsmaatregelen bij het werken met SDS-gels .