Dit is waarom:
* Verschillende verbindingstypen: De Nintendo 64 gebruikt een eigen DIN-connector, terwijl de GameCube een USB-aansluiting gebruikt. Deze zijn niet uitwisselbaar.
* Verschillende knopindelingen en functionaliteit: De GameCube-controller heeft een andere knoppenindeling en functionaliteit vergeleken met de N64-controller.
Hoewel de GameCube-controller compatibel is met de Wii en GameCube, is deze niet compatibel met de Nintendo 64.