Hoewel de Wii-versie van de game bestaat, is deze geen directe port van de consoleversies. Het is ontwikkeld door n-Space, een studio die bekend staat om het maken van meer informele of vereenvoudigde versies van populaire games voor de Wii.
De Wii-versie van MW3 gebruikt een compleet ander besturingsschema en gameplay-mechanismen vergeleken met de Xbox 360- of PS3-versies. Het maakt gebruik van de bewegingsbediening van de Wii, vergelijkbaar met andere Wii-shooters zoals Metroid Prime 3:Corruption of Red Steel 2. Je gebruikt de Wii-afstandsbediening om te richten en te schieten, en de Nunchuck om te bewegen.
Er is geen manier om een traditionele Wii-afstandsbediening te gebruiken om het spel te spelen zoals je zou doen met een traditionele consolecontroller. Voor de beoogde besturing heb je de Wii-afstandsbediening en Nunchuck nodig.