Hoewel beide games dezelfde console gebruiken en gitaarcontrollers hebben, zijn ze niet compatibel . Dit komt omdat:
* Verschillende knopindelingen: De plaatsing van de knoppen op de Rock Band-gitaar wijkt enigszins af van de Guitar Hero 3-gitaar. Dit betekent dat de knoppen die je indrukt op de Rock Band-gitaar niet overeenkomen met de juiste noten in Guitar Hero 3.
* Verschillende softwareherkenning: Het Wii-systeem en de games zijn ontworpen om specifieke controllers te herkennen. Guitar Hero 3 is geprogrammeerd om alleen zijn eigen gitaarcontroller te herkennen, en de Rock Band-controller niet.
Daarom moet je de Guitar Hero 3 gitaarcontroller gebruiken om dat spel te spelen.