* Verschillende cartridgeformaten: De DS en 3DS gebruiken verschillende cartridgeformaten. De 3DS-cartridge is fysiek kleiner en heeft verschillende pinnen voor aansluiting op het systeem.
* Software-incompatibiliteit: Zelfs als je fysiek een DS-gamecartridge in een 3DS zou kunnen plaatsen, zou de 3DS-systeemsoftware deze niet herkennen. De 3DS is ontworpen om 3DS-games te draaien, geen DS-games.
DS-games spelen op een 3DS:
* Virtuele console: De 3DS heeft een "Virtual Console" -functie waarmee je klassieke DS-games digitaal kunt downloaden en spelen. Deze spellen kun je kopen via de Nintendo eShop en zijn speelbaar op je 3DS.
* DSi-modus: Sommige 3DS-modellen hebben een "DSi-modus" waarmee je DS-games rechtstreeks kunt spelen. Deze modus is voornamelijk bedoeld voor compatibiliteit met oudere DS-games en bevat niet de verbeterde functies van de 3DS.
Opmerking: Je kunt geen fysieke DS-cartridge in een 3DS plaatsen. De 3DS is in die zin niet achterwaarts compatibel met DS-cartridges.