Hoe berekenen Sequence Beschikbaarheid

Verrijking studies vereist de berekening van sequencing gegevens aan de dekking te bepalen . Dit wordt voornamelijk gedaan met gen- sequencing laboratoria vereisen geïntegreerde DNA-monster voorbereiding en pre - verrijking pooling . Het berekenen van sequencing dekking vereist het gebruik van variabelen die de gemiddelde sequencing dekking , de totale gerichte bases en de verrijking efficiëntie. Het uitvoeren van deze berekening is uitgevoerd door het invoeren van al deze variabelen in een vergelijking . Instructies
1

Schrijf de vergelijking gebruikt om de gemiddelde sequencing dekking te berekenen. Dit zal lijken op de gewenste dekking , gedeeld door de gemiddelde genormaliseerde dekking. Als de gewenste dekking 10x en de gemiddelde genormaliseerde dekking 0,2 , dan is de gemiddelde sequencing dekking 50 kopen van 2

Schrijf de vergelijking gebruikt om de hoeveelheid sequencing berekenen . Dit zal uitzien (totaal gerichte basen) (gemiddelde sequencing dekking) /( verrijking efficiëntie) = hoeveelheid sequencing .
3

Plug in 62 MB voor " totale gerichte bases " en 0,65 voor de "enrichment efficiëntie". Voeg de sequencing dekking bedrag van 50x en de vergelijking eruit zal zien (62) (50) /0.65 . Het resultaat van de vergelijking zal 4.8 GB van sequencing data .